黑龙江中医药大学基础医学院前身为黑龙江中医学院基础医学部，始创于1972年4月, 1997年7月更名为基础医学院。学院由中医基础系列、西医基础系列、外语系列、体育部四大部分组成，并于2009年创建黑龙江中医药大学国医堂。现有下属教研室24个，拥有国家级重点学科1个、国家中医药管理局重点学科4个，省级重点学科5个，国家中医药管理局三级重点实验室2个，国家中医药管理局重点研究室1个，国家中医药管理局名老中医工作室1个，省级A类重点实验室1个。具有博士学位授予权学科5个、硕士学位授予权学科7个，国家级优秀教学团队1个、省级优秀研究生导师团队1个，国家级精品课3门、省级精品课9门、校级精品课16门。
多年来，学院教师共获得国家级教学成果一等奖1项、二等奖4项，省级优秀教学成果一等奖5项，省高教学会教学成果奖近百项，国家霍英东教育基金(教学类)三等奖4项。学院教师任全国统编教材和新世纪规划教材主编7部、主审3部、副主编16部、编委28部，主编全国“十二五”规划规划教材6部、案例式教材1部。国家、省、校级学科多数都已经形成了稳定而有特色的研究方向，1996年以来，中标科研课题累计500余项，科研经费800余万元,荣获国家、省、厅局级科研成果奖120余项。
近年来，学院各项工作突出，荣获国家级教学名师2人，全国先进工作者称号1人，全国优秀教师5人、全国教书育人先进个人1名，首届中医药传承特别贡献奖1人，中国百名***中医2人，“新世纪***万人才工程”国家级人选1人，全国师德先进个人1名，国务院***7人，霍英东基金会高校青年教师1人，全国教育系统先进集体1个。黑龙江省五一劳动奖章获得者1人，龙江学者特聘教授1人，黑龙江省优秀共产党员1人，黑龙江省模范教师5人，黑龙江省优秀教师2人，黑龙江省教育系统教书育人先进个人1人，黑龙江省名中医7人，黑龙江省劳动模范5人，以及黑龙江十大***、黑龙江省卫生系统跨世纪拔尖人才、黑龙江省“五四奖章”、黑龙江省青年科技奖、哈尔滨十大***、哈尔滨市青年科技奖等校级以上表彰及奖励70余人次。学院连续多年被学校评为“文明单位标兵”称号，荣获“黑龙江省教育系统先进集体”、“黑龙江省高等教育教学管理质量集体奖”、“黑龙江省教育系统师德建设先进单位”、“哈尔滨市‘三育人’先进集体”等多项荣誉。同时，首倡龙江医派，创办首届龙江医派学术文化节，创立龙江医派研究会，举办“龙江医派杯”四大经典知识大赛，龙江医派入选国家中医药管理局首批全国中医学术流派传承工作室建设单位，在国内外学术界产生久远影响。
